Департамент здравоохранения Ивановской области образован 9 марта 2006 года путем переименования управления здравоохранения Ивановской области в соответствии с распоряжением Правительства Ивановской области от 15.02.2006 № 15-рп «О переименования управления здравоохранения Ивановской области в департамент здравоохранения Ивановской области»;
В соответствии с постановлением Правительства Ивановской области от 28.12.2012 № 578 «Об утверждении Положения о Департаменте здравоохранения Ивановской области» Департамент здравоохранения Ивановской области является центральным исполнительным органом государственной власти Ивановской области, проводящим государственную политику и осуществляющим межотраслевое управление и координацию по вопросам охраны здоровья граждан, а также функциональное регулирование в сфере охраны здоровья граждан на территории Ивановской области.